هیأت رئیسه دومین رکن اجرایی دانشگاه می باشد که مرکب از رئیس دانشگاه و معاونان دانشگاه می باشد که وظایف و اختیارات زیر را بر عهده دارد:
- مشارکت در تعیین برنامه های راهبردی و جامع دانشگاه. .
- تعیین خط مشی اجرایی دانشگاه و فراهم نمودن زمینه اجرایی برنامه های کلان دانشگاه .
- بررسی برنامه ها، طرح ها و پیشنهادات بر اساس آیین نامه جهت ارجاع و تصویب به هیأت امناء .
- بررسی بودجه سالانه دانشگاه جهت ارجاع و تصویب به هیأت امناء .
- بررسی طرح ها و برنامه های پیشنهادی آموزشی و پژوهشی از قبیل پذیرش دانشجو بر اساس امکانات دانشگاه، توزیع و تخصیص فرصتهای مطالعاتی ، دوره های کوتاه مدت آموزشی داخل و خارج و ... .
- بررسی و تصویب طرحها و پیشنهادها در زمینه بهبود و اصلاح ساختار سازمانی و شرح وظایف .
- بررسی و ارزیابی نحوه اجرای تصمیمات هیأت امناء و نظارت بر عملکرد واحدهای مختلف .
اعضاء هیأت رئیسه :
- دکتر سید احمد معتمدی (رئیس دانشگاه)
- حجت الاسلام و المسلمین میراحمدی (مسئول نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری)
- دکتر مسعود صبائی (معاون توسعه و مدیریت منابع دانشگاه)
- دکتر سید محمدحسین کریمیان (معاون آموزشی و تحصیلات تکمیلی)
- دکتر سیاوش خرسندی (معاون فرهنگی و دانشجویی)
- دکتر حسین حسینی تودشکی (معاون پژوهش و فناوری)
- دکتر ابوالقاسم مسگرپور طوسی (معاون بین الملل)
- دکتر محمدرضا رازفر (مدیرکل حوزه ریاست)